Teknik aquaponik merupakan salah satu teknik resirkulasi yang berupaya menyiasati lahan pertanian yang semakin sempit dan adanya kelangkaan air, dengan cara memanfaatkan air kolam ikan untuk tanaman dan sebaliknya dari tanaman ke kolam ikan.
Para peneliti Jerman pernah sukses melakukan uji coba mengembangkan pertanian aquaponik yang nyaris tanpa emisi ini, yaitu sebuah pertanian tomat dengan budidaya ikan air tawar yang ekologis dan hemat air. Mereka menyebutnya proyek kolam ikan sebagai Aquakultur (budidaya ikan air tawar) sementara tanaman tomat dibudidayakan secara hydroponic, gabungan keduanya disebut aquaponik.
Dalam uji cobanya ikan air tawar memproduksi kotoran (mengandung nitrogen dan posfor) yang merupakan pupuk bagi tanaman tomat melalui pemanfaatan air limbah dari kolam sehingga kebutuhan air dan pupuk tidak lagi menjadi masalah. Namun sebelum air kolam yang mengandung pupuk tersebut mengairi tanaman tomat, airnya terlebih dahulu dibersihkan dalam sebuah tong yang bertujuan kotoran ikan yang mengandung amoniak mengalami oksidasi.Dengan bantuan oksigen dan bakteri, amoniak diubah menjadi nitrat (nitrifikasi sederhana).
Setelah dioksidasikan, barulah nitrat dari limbah kolam ikan dijadikan pupuk super tanaman tomat. Dosisnya dapat diatur menggunakan katup pengatur arus cairan pupuk. Prinsipnya kolam ikan memasok air serta bahan makanan bagi tomat dan tanaman tomat pada gilirannya juga menyumbangkan kualitas air bagi kolam ikan.
Dalam upaya mencoba teknik aquaponik ini ada beberapa hal yang perlu kita perhatikan (Balai Riset Budidaya Air Tawar Bogor), antara lain yaitu :
1) Jenis Ikan yang dipelihara, beberapa jenis ikan air tawar yang umumnya dapat dipelihara adalah ikan nila, patin, gurame, mas, lele dan ikan hias.
2) Jenis Tanaman, ada beberapa jenis tanaman yang sudah pernah dicoba dan berhasil cukup baik antara lain: kangkung, tomat, sawi dan fetchin atau pokchai . Karena media filter tidak menggunakan tanah maka agar tanaman dapat tumbuh baik perlu disemaikan dulu sampai bibit berumur 1-1,5 bulan baru siap dipindahkan pada sistem aquaponik dengan jarak tanam 40cm.
3) Kolam, wadah dan Media Tanam, kolam ikan perlu dilengkapi pembuangan air yang dapat menyedot kotoran ikan ataupun sisa pakan yang digunakan untuk dialirkan kedalam bak filter bisa berupa tong, ember plastik, papan kayu yang dibentuk menjadi seperti bak saluran air yang dilapisi plastik. Media tanam meliputi batu kerikil atau batu apung lebih dianjurkan untuk digunakan karena jika memakai tanah maka seringkali jalannya air lebih terhambat karena tanah-tanah halus juga ikut hanyut dan menyumbat lubang pengeluaran.
4) Sistem resirkulasi, ada dua alternatif yang pertama air kolam dialirkan menggunakan pompa air ke dalam bak filter/tong terlebih dahulu baru kemudian dialirkan ke wadan atau media tanaman setelah itu baru kemudian kembali lagi ke dalam kolam ikan. Cara Kedua sistem resirkulasi ini adalah air kolam langsung dialirkan ke dalam wadah atau media tanaman yang berfungsi sebagai bak filter dan setelah itu kembali ke dalam kolam ikan.